Sağlıklı bir bağışıklık sisteminin görevi, vücudu hastalıklara ve enfeksiyonlara karşı korumaktır. Fakat vücudumuza yoğun ve sürekli yabancı madde girişi varsa çok fazla yüklenir, duyarlanır ve kafası karışabilir. Bu durum otoimmün hastalıkların oluşumuna sebep olabilir ve bağışıklık sistemi sağlıklı dokulara ve organlara saldırabilir.
Bu durum vücudun herhangi bir bölümünü etkileyebilir, vücut fonksiyonlarını zayıflatabilir veya tamamen durmasına sebep olabilir. Bağışıklık sistemimizi harekete geçiren tüm yabancı maddeler (virüs, bakteri, mantar vb.) proteinlerden oluşur. Bu yabancı proteinlerin moleküler yapısı ile bazı doku ve organlarda yer alan proteinlerin moleküler yapısı birbirine çok benzer. Örneğin buğdayda yer alan gluten ile tiroid bezinde bulunan proteinlerin yapıları birbirleriyle kolaylıklar karıştırılabilir. Bağışıklık sisteminizin duyarlılığı çok arttıysa glutene tepki gösterirken, sadece ona değil tiroid bezlerinizi de yabancı olarak algılayabilir. Bu durum Haşimato troidine yol açar.
Otoimmün hastalıklarda hastalığın türü ve moleküler benzerliği göz önünde bulundurularak bağışıklık sisteminizi destekleyen yabancı madde maruziyetinizi azaltmaya yönelik beslenme ve mutfak düzeni oluşturmak temel alınır.
Bağırsak astarının iyileşmesini sağlayan besinleri içeren hasarı arttıran besinlerin çıkarıldığımız otoimmün beslenme protokolü ile desteklenir.